TY - JOUR AU - Meyer, E. AU - Aglyamova, G. V. AU - Wang, S. AU - Buchanan-Carter, J. AU - Abrego, D. AU - Colbourne, J. K. AU - Willis, B. L. AU - Matz, M. V. PY - 2009 DA - 2009// TI - Sequencing and de novo analysis of a coral larval transcriptome using 454 GSFlx JO - BMC Genomics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-10-219 DO - 10.1186/1471-2164-10-219 ID - Meyer2009 ER - TY - JOUR AU - Vera, J. C. AU - Wheat, C. W. AU - Fescemyer, H. W. AU - Frilander, M. J. AU - Crawford, D. L. AU - Hanski, I. AU - Marden, J. H. PY - 2008 DA - 2008// TI - Rapid transcriptome characterization for a nonmodel organism using 454 pyrosequencing JO - Mol Ecol VL - 17 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-294X.2008.03666.x DO - 10.1111/j.1365-294X.2008.03666.x ID - Vera2008 ER - TY - JOUR AU - Clark, M. S. AU - Thorne, M. A. S. AU - Vieira, F. A. AU - Cardoso, J. C. R. AU - Power, D. M. AU - Peck, L. S. PY - 2010 DA - 2010// TI - Insights into shell deposition in the Antarctic bivalve Laternula elliptica: gene discovery in the mantle transcriptome using 454 pyrosequencing JO - BMC Genomics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-11-362 DO - 10.1186/1471-2164-11-362 ID - Clark2010 ER - TY - JOUR AU - Wang, X. W. AU - Luan, J. B. AU - Li, J. M. AU - Bao, Y. Y. AU - Zhang, C. X. AU - Liu, S. S. PY - 2010 DA - 2010// TI - De novo characterization of a whitefly transcriptome and analysis of its gene expression during development JO - BMC Genomics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-11-400 DO - 10.1186/1471-2164-11-400 ID - Wang2010 ER - TY - JOUR AU - Zagrobelny, M. AU - Scheibye-Alsing, K. AU - Jensen, N. B. AU - Moller, B. L. AU - Gorodkin, J. AU - Bak, S. PY - 2009 DA - 2009// TI - 454 pyrosequencing based transcriptome analysis of Zygaena filipendulae with focus on genes involved in biosynthesis of cyanogenic glucosides JO - BMC Genomics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-10-574 DO - 10.1186/1471-2164-10-574 ID - Zagrobelny2009 ER - TY - JOUR AU - Reich, D. AU - Green, R. E. AU - Kircher, M. AU - Krause, J. AU - Patterson, N. AU - Durand, E. Y. AU - Viola, B. AU - Briggs, A. W. AU - Stenzel, U. AU - Johnson, P. L. PY - 2010 DA - 2010// TI - Genetic history of an archaic hominin group from Denisova Cave in Siberia JO - Nature VL - 468 UR - https://doi.org/10.1038/nature09710 DO - 10.1038/nature09710 ID - Reich2010 ER - TY - JOUR AU - Siebert, S. AU - Robinson, M. D. AU - Tintori, S. C. AU - Goetz, F. AU - Helm, R. R. AU - Smith, S. A. AU - Shaner, N. AU - Haddock, S. H. D. AU - Dunn, C. W. PY - 2011 DA - 2011// TI - Differential gene expression in the siphonophore Nanomia bijuga (Cnidaria) assessed with multiple Next-Generation Sequencing workflows JO - PLoS One VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0022953 DO - 10.1371/journal.pone.0022953 ID - Siebert2011 ER - TY - JOUR AU - Smith, S. AU - Wilson, N. G. AU - Goetz, F. AU - Feehery, C. AU - Andrade, S. C. S. AU - Rouse, G. W. AU - Giribet, G. AU - Dunn, C. W. PY - 2011 DA - 2011// TI - Resolving the evolutionary relationships of molluscs with phylogenomic tools JO - Nature VL - 480 UR - https://doi.org/10.1038/nature10526 DO - 10.1038/nature10526 ID - Smith2011 ER - TY - JOUR AU - Feldmeyer, B. AU - Wheat, C. W. AU - Krezdorn, N. AU - Rotter, B. AU - Pfenninger, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Short read Illumina data for the de novo assembly of a non-model snail species transcriptome (Radix balthica, Basommatophora, Pulmonata), and a comparison of assembler performance JO - BMC Genomics VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-12-317 DO - 10.1186/1471-2164-12-317 ID - Feldmeyer2011 ER - TY - JOUR AU - Protasio, A. V. AU - Tsai, I. J. AU - Babbage, A. AU - Nichol, S. AU - Hunt, M. AU - Aslett, M. A. AU - De Silva, N. AU - Velarde, G. S. AU - Anderson, T. J. AU - Clark, R. C. PY - 2012 DA - 2012// TI - A systematically improved high quality genome and transcriptome of the human blood fluke Schistosoma mansoni JO - PLoS Negl Trop Dis VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0001455 DO - 10.1371/journal.pntd.0001455 ID - Protasio2012 ER - TY - JOUR AU - Hartmann, S. AU - Helm, C. AU - Nickel, B. AU - Meyer, M. AU - Struck, T. H. AU - Tiedemann, R. AU - Selbig, J. AU - Bleidorn, C. PY - 2012 DA - 2012// TI - Exploiting gene families for phylogenomic analysis of myzostomid transcriptome data JO - PLoS One VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0029843 DO - 10.1371/journal.pone.0029843 ID - Hartmann2012 ER - TY - JOUR AU - Takeuchi, T. AU - Kawashima, T. AU - Koyanagi, R. AU - Gyoja, F. AU - Tanaka, M. AU - Ikuta, T. AU - Shoguchi, E. AU - Fujiwara, M. AU - Shinzato, C. AU - Hisata, K. PY - 2012 DA - 2012// TI - Draft genome of the pearl oyster Pinctada fucata: a platform for understanding bivalve biology JO - DNA Res VL - 12 UR - https://doi.org/10.1093/dnares/dss005 DO - 10.1093/dnares/dss005 ID - Takeuchi2012 ER - TY - JOUR AU - Zerbino, D. R. AU - Birney, E. PY - 2008 DA - 2008// TI - Velvet: Algorithms for de novo short read assembly using de Bruijn graphs JO - Genome Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1101/gr.074492.107 DO - 10.1101/gr.074492.107 ID - Zerbino2008 ER - TY - JOUR AU - Simpson, J. T. AU - Wong, K. AU - Jackman, S. D. AU - Schein, J. E. AU - Jones, S. J. M. AU - Birol, I. PY - 2009 DA - 2009// TI - ABySS: A parallel assembler for short read sequence data JO - Genome Res VL - 19 UR - https://doi.org/10.1101/gr.089532.108 DO - 10.1101/gr.089532.108 ID - Simpson2009 ER - TY - JOUR AU - Blow, N. PY - 2009 DA - 2009// TI - Transcriptomics: The digital generation JO - Nature VL - 458 UR - https://doi.org/10.1038/458239a DO - 10.1038/458239a ID - Blow2009 ER - TY - JOUR AU - Martin, J. A. AU - Wang, Z. PY - 2011 DA - 2011// TI - Next-generation transcriptome assembly JO - Nat Rev Genet VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nrg3068 DO - 10.1038/nrg3068 ID - Martin2011 ER - TY - JOUR AU - Dunn, C. W. AU - Hejnol, A. AU - Matus, D. Q. AU - Pang, K. AU - Browne, W. E. AU - Smith, S. A. AU - Seaver, E. C. AU - Rouse, G. W. AU - Obst, M. AU - Edgecombe, G. D. PY - 2008 DA - 2008// TI - Broad phylogenomic sampling improves resolution of the animal tree of life JO - Nature VL - 452 UR - https://doi.org/10.1038/nature06614 DO - 10.1038/nature06614 ID - Dunn2008 ER - TY - JOUR AU - Hejnol, A. AU - Obst, M. AU - Stamatakis, A. M. O. AU - Rouse, G. W. AU - Edgecombe, G. D. AU - Martinez, P. AU - Baguñà, J. AU - Bailly, X. AU - Jondelius, U. PY - 2009 DA - 2009// TI - Assessing the root of bilaterian animals with scalable phylogenomic methods JO - Proc R Soc B: Biological Sci VL - 276 UR - https://doi.org/10.1098/rspb.2009.0896 DO - 10.1098/rspb.2009.0896 ID - Hejnol2009 ER - TY - JOUR AU - Kocot, K. M. AU - Cannon, J. T. AU - Todt, C. AU - Citarella, M. R. AU - Kohn, A. B. AU - Meyer, A. AU - Santos, S. R. AU - Schander, C. AU - Moroz, L. L. AU - Lieb, B. AU - Halanych, K. M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Phylogenomics reveals deep molluscan relationships JO - Nature VL - 447 UR - https://doi.org/10.1038/nature10382 DO - 10.1038/nature10382 ID - Kocot2011 ER - TY - JOUR AU - Elmer, K. R. AU - Fan, S. AU - Gunter, H. M. AU - Jones, J. C. AU - Boekhoff, S. AU - Kuraku, S. AU - Meyer, A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Rapid evolution and selection inferred from the transcriptomes of sympatric crater lake cichlid fishes JO - Mol Ecol VL - 19 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-294X.2009.04488.x DO - 10.1111/j.1365-294X.2009.04488.x ID - Elmer2010 ER - TY - JOUR AU - Toth, A. L. AU - Varala, K. AU - Newman, T. C. AU - Miguez, F. E. AU - Hutchison, S. K. AU - Willoughby, D. A. AU - Simons, J. F. AU - Egholm, M. AU - Hunt, J. H. AU - Hudson, M. E. AU - Robinson, G. E. PY - 2007 DA - 2007// TI - Wasp gene expression supports an evolutionary link between maternal behavior and eusociality JO - Science VL - 318 UR - https://doi.org/10.1126/science.1146647 DO - 10.1126/science.1146647 ID - Toth2007 ER - TY - JOUR AU - Owen, J. AU - Hedley, B. A. AU - Svendsen, C. AU - Wren, J. AU - Jonker, M. J. AU - Hankard, P. K. AU - Lister, L. J. AU - Sturzenbaum, S. R. AU - Morgan, A. J. AU - Spurgeon, D. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Transcriptome profiling of developmental and xenobiotic responses in a keystone soil animal, the oligochaete annelid Lumbricus rubellus JO - BMC Genomics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-9-266 DO - 10.1186/1471-2164-9-266 ID - Owen2008 ER - TY - JOUR AU - Gilad, Y. AU - Pritchard, J. K. AU - Thornton, K. PY - 2009 DA - 2009// TI - Characterizing natural variation using next-generation sequencing technologies JO - Trends in Genet VL - 25 UR - https://doi.org/10.1016/j.tig.2009.09.003 DO - 10.1016/j.tig.2009.09.003 ID - Gilad2009 ER - TY - JOUR AU - Ness, R. W. AU - Siol, M. AU - Barrett, S. C. H. PY - 2011 DA - 2011// TI - De novo sequence assembly and characterization of the floral transcriptome in cross- and self-fertilizing plants JO - BMC Genomics VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-12-298 DO - 10.1186/1471-2164-12-298 ID - Ness2011 ER - TY - JOUR AU - Cahais, V. AU - Gayral, P. AU - Tsagkogeorga, G. AU - Melo-Ferreira, J. AU - Ballenghien, M. AU - Weinert, L. AU - Chiari, Y. AU - Belkhir, K. AU - Ranwez, V. AU - Galtier, N. PY - 2012 DA - 2012// TI - Reference-free transcriptome assembly in non-model animals from next-generation sequencing data JO - Mol Ecol Resour VL - 12 UR - https://doi.org/10.1111/j.1755-0998.2012.03148.x DO - 10.1111/j.1755-0998.2012.03148.x ID - Cahais2012 ER - TY - JOUR AU - Leys, S. P. AU - Riesgo, A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Epithelia, an evolutionary novelty of metazoans JO - J Experimental Zoology Part B: Molecular and Developmental Evol VL - 318 UR - https://doi.org/10.1002/jez.b.21442 DO - 10.1002/jez.b.21442 ID - Leys2011 ER - TY - JOUR AU - Thamm, K. AU - Seaver, E. C. PY - 2008 DA - 2008// TI - Notch signaling during larval and juvenile development in the polychaete annelid Capitella sp JO - I. Developmental Biology VL - 320 UR - https://doi.org/10.1016/j.ydbio.2008.04.015 DO - 10.1016/j.ydbio.2008.04.015 ID - Thamm2008 ER - TY - JOUR AU - Janssen, R. AU - Le Gouar, M. AU - Pechmann, M. AU - Poulin, F. AU - Bolognesi, R. AU - Schwager, E. E. AU - Hopfen, C. AU - Colbourne, J. K. AU - Budd, G. E. AU - Brown, S. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Conservation, loss, and redeployment of Wnt ligands in protostomes: implications for understanding the evolution of segment formation JO - BMC Evol Biol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2148-10-374 DO - 10.1186/1471-2148-10-374 ID - Janssen2010 ER - TY - JOUR AU - Dordel, J. AU - Fisse, F. AU - Purschke, G. AU - Struck, T. H. PY - 2010 DA - 2010// TI - Phylogenetic position of Sipuncula derived from multi-gene and phylogenomic data and its implication for the evolution of segmentation JO - J Zoological Syst Evolutionary Res VL - 48 ID - Dordel2010 ER - TY - JOUR AU - Dunlop, J. A. AU - Webster, M. PY - 1999 DA - 1999// TI - Fossil evidence, terrestrialization, and arachnid phylogeny JO - J Arachnol VL - 27 ID - Dunlop1999 ER - TY - JOUR AU - Dunlop, J. A. AU - Selden, P. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Calibrating the chelicerate clock: a paleontological reply to Jeyaprakash and Hoy JO - Exp Appl Acarol VL - 48 UR - https://doi.org/10.1007/s10493-009-9247-1 DO - 10.1007/s10493-009-9247-1 ID - Dunlop2009 ER - TY - JOUR AU - Hedin, M. AU - Starrett, J. AU - Akhter, S. AU - Schönhofer, A. L. AU - Shultz, J. W. PY - 2012 DA - 2012// TI - Phylogenomic resolution of Paleozoic divergences in harvestmen (Arachnida, Opiliones) via analysis of next- generation transcriptome data JO - PLoS One VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0042888 DO - 10.1371/journal.pone.0042888 ID - Hedin2012 ER - TY - JOUR AU - Struck, T. H. AU - Paul, C. AU - Hill, N. AU - Hartmann, S. AU - Hösel, C. AU - Kube, M. AU - Lieb, B. AU - Meyer, A. AU - Tiedemann, R. AU - Purschke, G. AU - Bleidorn, C. PY - 2011 DA - 2011// TI - Phylogenomic analyses unravel annelid evolution JO - Nature VL - 471 UR - https://doi.org/10.1038/nature09864 DO - 10.1038/nature09864 ID - Struck2011 ER - TY - JOUR AU - Zrzavy, J. AU - Riha, P. AU - Pialek, L. AU - Janouskovec, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Phylogeny of Annelida (Lophotrochozoa): total-evidence analysis of morphology and six genes JO - BMC Evol Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2148-9-189 DO - 10.1186/1471-2148-9-189 ID - Zrzavy2009 ER - TY - JOUR AU - Robertson, G. AU - Schein, J. AU - Chiu, R. AU - Corbett, R. AU - Field, M. AU - Jackman, S. D. AU - Mungall, K. AU - Lee, S. AU - Okada, H. M. AU - Qian, J. Q. PY - 2010 DA - 2010// TI - De novo assembly and analysis of RNA-seq data JO - Nature Methods VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1517 DO - 10.1038/nmeth.1517 ID - Robertson2010 ER - TY - JOUR AU - Grabherr, M. G. AU - Haas, B. J. AU - Yassour, M. AU - Levin, J. Z. AU - Thompson, D. A. AU - Amit, I. AU - Adiconis, X. AU - Fan, L. AU - Raychowdhury, R. AU - Zeng, Q. D. PY - 2011 DA - 2011// TI - Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome JO - Nat Biotechnol VL - 29 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.1883 DO - 10.1038/nbt.1883 ID - Grabherr2011 ER - TY - JOUR AU - Surget-Groba, Y. AU - Montoya-Burgos, J. I. PY - 2010 DA - 2010// TI - Optimization of de novo transcriptome assembly from next-generation sequencing data JO - Genome Res VL - 20 UR - https://doi.org/10.1101/gr.103846.109 DO - 10.1101/gr.103846.109 ID - Surget-Groba2010 ER - TY - JOUR AU - Kumar, S. AU - Blaxter, M. L. PY - 2010 DA - 2010// TI - Comparing de novo assemblers for 454 transcriptome data JO - BMC Genomics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-11-571 DO - 10.1186/1471-2164-11-571 ID - Kumar2010 ER - TY - JOUR AU - Garg, R. AU - Patel, R. K. AU - Tyagi, A. K. AU - Jain, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - De novo assembly of chickpea transcriptome using short reads for gene discovery and marker identification JO - DNA Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1093/dnares/dsq028 DO - 10.1093/dnares/dsq028 ID - Garg2011 ER - TY - JOUR AU - Earl, D. AU - Bradnam, K. AU - St John, J. AU - Darling, A. AU - Lin, D. W. AU - Fass, J. AU - Hung, O. K. Y. AU - Buffalo, V. AU - Zerbino, D. R. AU - Diekhans, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Assemblathon 1: A competitive assessment of de novo short read assembly methods JO - Genome Res VL - 21 UR - https://doi.org/10.1101/gr.126599.111 DO - 10.1101/gr.126599.111 ID - Earl2011 ER - TY - JOUR AU - Ewen-Campen, B. AU - Shaner, N. AU - Panfilio, K. A. AU - Suzuki, Y. AU - Roth, S. AU - Extavour, C. G. PY - 2011 DA - 2011// TI - The maternal and early embryonic transcriptome of the milkweed bug Oncopeltus fasciatus JO - BMC Genomics VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-12-61 DO - 10.1186/1471-2164-12-61 ID - Ewen-Campen2011 ER - TY - JOUR AU - Parchman, T. L. AU - Geist, K. S. AU - Grahnen, J. A. AU - Benkman, C. W. AU - Buerkle, C. A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Transcriptome sequencing in an ecologically important tree species: assembly, annotation, and marker discovery JO - BMC Genomics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-11-180 DO - 10.1186/1471-2164-11-180 ID - Parchman2010 ER - TY - JOUR AU - Mizrachi, E. AU - Hefer, C. A. AU - Ranik, M. AU - Joubert, F. AU - Myburg, A. A. PY - 2010 DA - 2010// TI - De novo assembled expressed gene catalog of a fast-growing Eucalyptus tree produced by Illumina mRNA-Seq JO - BMC Genomics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-11-681 DO - 10.1186/1471-2164-11-681 ID - Mizrachi2010 ER - TY - JOUR AU - Papanicolaou, A. AU - Stierli, R. AU - Ffrench-Constant, R. H. AU - Heckel, D. G. PY - 2009 DA - 2009// TI - Next generation transcriptomes for next generation genomes using est2assembly JO - BMC Bioinforma VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-10-447 DO - 10.1186/1471-2105-10-447 ID - Papanicolaou2009 ER - TY - JOUR AU - Bettencourt, R. AU - Pinheiro, M. AU - Egas, C. AU - Gomes, P. AU - Afonso, M. AU - Shank, T. AU - Santos, R. S. PY - 2010 DA - 2010// TI - High-throughput sequencing and analysis of the gill tissue transcriptome from the deep-sea hydrothermal vent mussel Bathymodiolus azoricus JO - BMC Genomics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-11-559 DO - 10.1186/1471-2164-11-559 ID - Bettencourt2010 ER - TY - JOUR AU - Crawford, J. E. AU - Guelbeogo, W. M. AU - Sanou, A. AU - Traore, A. AU - Vernick, K. D. AU - Sagnon, N. AU - Lazzaro, B. P. PY - 2010 DA - 2010// TI - De novo transcriptome sequencing in Anopheles funestus using Illumina RNA-seq technology JO - PLoS One VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0014202 DO - 10.1371/journal.pone.0014202 ID - Crawford2010 ER - TY - JOUR AU - Krishnan, N. M. AU - Pattnaik, S. AU - Deepak, S. A. AU - Hariharan, A. K. AU - Gaur, P. AU - Chaudhary, R. AU - Jain, P. AU - Vaidyanathan, S. AU - Krishna, P. G. B. AU - Panda, B. PY - 2011 DA - 2011// TI - De novo sequencing and assembly of Azadirachta indica fruit transcriptome JO - Curr Sci VL - 101 ID - Krishnan2011 ER - TY - JOUR AU - Xia, Z. AU - Xu, H. AU - Zhai, J. AU - Li, D. AU - Luo, H. AU - He, C. AU - Huang, X. PY - 2011 DA - 2011// TI - RNA-Seq analysis and de novo transcriptome assembly of Hevea brasiliensis JO - Plant Mol Biol VL - 77 UR - https://doi.org/10.1007/s11103-011-9811-z DO - 10.1007/s11103-011-9811-z ID - Xia2011 ER - TY - JOUR AU - Kaplunovsky, A. AU - Ivashchenko, A. AU - Bolshoy, A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Statistical analysis of exon lengths in various eukaryotes JO - Open Access Bioinformatics VL - 3 ID - Kaplunovsky2011 ER - TY - JOUR AU - Poelchau, M. F. AU - Reynolds, J. A. AU - Denlinger, D. L. AU - Elsik, C. G. AU - Armbruster, P. A. PY - 2011 DA - 2011// TI - A de novo transcriptome of the Asian tiger mosquito, Aedes albopictus, to identify candidate transcripts for diapause preparation JO - BMC Genomics VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-12-619 DO - 10.1186/1471-2164-12-619 ID - Poelchau2011 ER - TY - JOUR AU - Maher, C. A. AU - Palanisamy, N. AU - Brenner, J. C. AU - Cao, X. H. AU - Kalyana-Sundaram, S. AU - Luo, S. J. AU - Khrebtukova, I. AU - Barrette, T. R. AU - Grasso, C. AU - Yu, J. D. PY - 2009 DA - 2009// TI - Chimeric transcript discovery by paired-end transcriptome sequencing JO - Proc National Academy of Sci of the USA VL - 106 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0904720106 DO - 10.1073/pnas.0904720106 ID - Maher2009 ER - TY - JOUR AU - Zheng, J. C. AU - Chen, S. AU - Yang, P. AU - Jiang, F. AU - Wei, Y. AU - Ma, Z. AU - Kang, L. PY - 2010 DA - 2010// TI - De novo analysis of transcriptome dynamics in the migratory locust during the development of phase traits JO - PLoS One VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0015633 DO - 10.1371/journal.pone.0015633 ID - Zheng2010 ER - TY - JOUR AU - Hahn, D. A. AU - Ragland, G. J. AU - Shoemaker, D. D. AU - Denlinger, D. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - Gene discovery using massively parallel pyrosequencing to develop ESTs for the flesh fly Sarcophaga crassipalpis JO - BMC Genomics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-10-234 DO - 10.1186/1471-2164-10-234 ID - Hahn2009 ER - TY - JOUR AU - Vicient, C. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Transcriptional activity of transposable elements in maize JO - BMC Genomics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-11-601 DO - 10.1186/1471-2164-11-601 ID - Vicient2010 ER - TY - JOUR AU - Wicker, T. AU - Sabot, F. AU - Hua-Van, A. AU - Bennetzen, J. L. AU - Capy, P. AU - Chalhoub, B. AU - Flavell, A. AU - Leroy, P. AU - Morgante, M. AU - Panaud, O. PY - 2007 DA - 2007// TI - A unified classification system for eukaryotic transposable elements JO - Nat Rev Genet VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2165 DO - 10.1038/nrg2165 ID - Wicker2007 ER - TY - JOUR AU - Gregory, T. R. PY - 2005 DA - 2005// TI - Synergy between sequence and size in large-scale genomics JO - Nat Rev Genet VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/nrg1674 DO - 10.1038/nrg1674 ID - Gregory2005 ER - TY - JOUR AU - Sharma, P. P. AU - Schwager, E. E. AU - Extavour, C. G. AU - Giribet, G. PY - 2012 DA - 2012// TI - Hox gene expression in the harvestman Phalangium opilio reveals divergent patterning of the chelicerate opisthosoma JO - Evol Dev VL - 14 UR - https://doi.org/10.1111/j.1525-142X.2012.00565.x DO - 10.1111/j.1525-142X.2012.00565.x ID - Sharma2012 ER - TY - JOUR AU - Sharma, P. P. AU - Schwager, E. E. AU - Extavour, C. G. AU - Giribet, G. PY - 2012 DA - 2012// TI - Evolution of the chelicerae: a dachshund domain is retained in the deutocerebral appendage of Opiliones (Arthropoda, Chelicerata) JO - Evol Dev VL - 14 UR - https://doi.org/10.1111/ede.12005 DO - 10.1111/ede.12005 ID - Sharma2012 ER - TY - JOUR AU - Verjovski-Almeida, S. AU - DeMarco, R. AU - Martins, E. A. L. AU - Guimaraes, P. E. M. AU - Ojopi, E. P. B. AU - Paquola, A. C. M. AU - Piazza, J. P. AU - Nishiyama, M. Y. AU - Kitajima, J. P. AU - Adamson, R. E. PY - 2003 DA - 2003// TI - Transcriptome analysis of the acoelomate human parasite Schistosoma mansoni JO - Nat Genet VL - 35 UR - https://doi.org/10.1038/ng1237 DO - 10.1038/ng1237 ID - Verjovski-Almeida2003 ER - TY - JOUR AU - O’Neil, S. T. AU - Dzurisin, J. D. AU - Carmichael, R. D. AU - Lobo, N. F. AU - Emrich, S. J. AU - Hellmann, J. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Population-level transcriptome sequencing of nonmodel organisms Erynnis propertius and Papilio zelicaon JO - BMC Genomics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-11-310 DO - 10.1186/1471-2164-11-310 ID - O’Neil2010 ER - TY - JOUR AU - Cismasiu, V. B. AU - Denes, S. A. AU - Reilander, H. AU - Michel, H. AU - Szedlacsek, S. E. PY - 2004 DA - 2004// TI - The MAM (meprin/A5-protein/PTPmu) domain is a homophilic binding site promoting the lateral dimerization of receptor-like protein-tyrosine phosphatase μ JO - J Biol Chem VL - 279 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M313115200 DO - 10.1074/jbc.M313115200 ID - Cismasiu2004 ER - TY - JOUR AU - Srivastava, M. AU - Simakov, O. AU - Chapman, J. AU - Fahey, B. AU - Gauthier, M. E. A. AU - Mitros, T. AU - Richards, G. S. AU - Conaco, C. AU - Dacre, M. AU - Hellsten, U. PY - 2010 DA - 2010// TI - The Amphimedon queenslandica genome and the evolution of animal complexity JO - Nature VL - 466 UR - https://doi.org/10.1038/nature09201 DO - 10.1038/nature09201 ID - Srivastava2010 ER - TY - JOUR AU - Putnam, N. H. AU - Srivastava, M. AU - Hellsten, U. AU - Dirks, B. AU - Chapman, J. AU - Salamov, A. AU - Terry, A. AU - Shapiro, H. AU - Lindquist, E. AU - Kapitonov, V. V. PY - 2007 DA - 2007// TI - Sea anemone genome reveals ancestral eumetazoan gene repertoire and genomic organization JO - Science VL - 317 UR - https://doi.org/10.1126/science.1139158 DO - 10.1126/science.1139158 ID - Putnam2007 ER - TY - JOUR AU - Manning, G. AU - Whyte, D. B. AU - Martinez, R. AU - Hunter, T. AU - Sudarsanam, S. PY - 2002 DA - 2002// TI - The protein kinase complement of the human genome JO - Science VL - 298 UR - https://doi.org/10.1126/science.1075762 DO - 10.1126/science.1075762 ID - Manning2002 ER - TY - JOUR AU - Miyata, T. AU - Suga, H. PY - 2001 DA - 2001// TI - Divergence pattern of animal gene families and relationship with the Cambrian explosion JO - BioEssays VL - 23 UR - https://doi.org/10.1002/bies.1147 DO - 10.1002/bies.1147 ID - Miyata2001 ER - TY - JOUR AU - Zhang, J. Z. PY - 2003 DA - 2003// TI - Evolution by gene duplication: an update JO - Trends in Ecology & Evol VL - 18 UR - https://doi.org/10.1016/S0169-5347(03)00033-8 DO - 10.1016/S0169-5347(03)00033-8 ID - Zhang2003 ER - TY - JOUR AU - Zhou, R. J. AU - Cheng, H. H. AU - Tiersch, T. R. PY - 2001 DA - 2001// TI - Differential genome duplication and fish diversity JO - Rev Fish Biol Fisheries VL - 11 UR - https://doi.org/10.1023/A:1021395506705 DO - 10.1023/A:1021395506705 ID - Zhou2001 ER - TY - JOUR AU - Pires-daSilva, A. AU - Sommer, R. J. PY - 2003 DA - 2003// TI - The evolution of signalling pathways in animal development JO - Nat Rev Genet VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/nrg977 DO - 10.1038/nrg977 ID - Pires-daSilva2003 ER - TY - JOUR AU - Koonin, E. V. PY - 2005 DA - 2005// TI - Orthologs, paralogs, and evolutionary genomics JO - Annu Rev Genet VL - 39 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.genet.39.073003.114725 DO - 10.1146/annurev.genet.39.073003.114725 ID - Koonin2005 ER - TY - JOUR AU - Gogarten, J. P. AU - Olendzenski, L. PY - 1999 DA - 1999// TI - Orthologs, paralogs and genome comparisons JO - Curr Opin Genet Dev VL - 9 UR - https://doi.org/10.1016/S0959-437X(99)00029-5 DO - 10.1016/S0959-437X(99)00029-5 ID - Gogarten1999 ER - TY - JOUR AU - Mushegian, A. R. AU - Garey, J. R. AU - Martin, J. AU - Liu, L. X. PY - 1998 DA - 1998// TI - Large-scale taxonomic profiling of eukaryotic model organisms: a comparison of orthologous proteins encoded by the human, fly, nematode, and yeast genomes JO - Genome Res VL - 8 ID - Mushegian1998 ER - TY - JOUR AU - Sperling, E. A. AU - Peterson, K. J. AU - Pisani, D. PY - 2009 DA - 2009// TI - Phylogenetic-signal dissection of nuclear housekeeping genes supports the paraphyly of sponges and the monophyly of Eumetazoa JO - Mol Biol Evol VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msp148 DO - 10.1093/molbev/msp148 ID - Sperling2009 ER - TY - JOUR AU - Wells, J. AU - Henkler, F. AU - Leversha, M. AU - Koshy, R. PY - 1995 DA - 1995// TI - A mitochondrial elongation factor-like protein is over-expressed in tumors and differentially expressed in normal tissues JO - FEBS Lett VL - 358 UR - https://doi.org/10.1016/0014-5793(94)01403-N DO - 10.1016/0014-5793(94)01403-N ID - Wells1995 ER - TY - JOUR AU - Giribet, G. AU - Edgecombe, G. D. PY - 2006 DA - 2006// TI - Conflict between data sets and phylogeny of centipedes: an analysis based on seven genes and morphology JO - Proc R Soc B: Biological Sci VL - 273 UR - https://doi.org/10.1098/rspb.2005.3365 DO - 10.1098/rspb.2005.3365 ID - Giribet2006 ER - TY - JOUR AU - Murienne, J. AU - Edgecombe, G. D. AU - Giribet, G. PY - 2010 DA - 2010// TI - Including secondary structure, fossils and molecular dating in the centipede tree of life JO - Mol Phylogenetics Evol VL - 57 UR - https://doi.org/10.1016/j.ympev.2010.06.022 DO - 10.1016/j.ympev.2010.06.022 ID - Murienne2010 ER - TY - JOUR AU - Regier, J. C. AU - Wilson, H. M. AU - Shultz, J. W. PY - 2005 DA - 2005// TI - Phylogenetic analysis of Myriapoda using three nuclear protein-coding genes JO - Mol Phylogenetics and Evol VL - 34 UR - https://doi.org/10.1016/j.ympev.2004.09.005 DO - 10.1016/j.ympev.2004.09.005 ID - Regier2005 ER - TY - JOUR AU - Sharma, P. P. AU - Vahtera, V. AU - Kawauchi, G. Y. AU - Giribet, G. PY - 2011 DA - 2011// TI - Running WILD: The case for exploring mixed parameter sets in sensitivity analysis JO - Cladistics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1111/j.1096-0031.2010.00345.x DO - 10.1111/j.1096-0031.2010.00345.x ID - Sharma2011 ER - TY - JOUR AU - Regier, J. C. AU - Shultz, J. W. AU - Zwick, A. AU - Hussey, A. AU - Ball, B. AU - Wetzer, R. AU - Martin, J. W. AU - Cunningham, C. W. PY - 2010 DA - 2010// TI - Arthropod relationships revealed by phylogenomic analysis of nuclear protein-coding sequences JO - Nature VL - 463 UR - https://doi.org/10.1038/nature08742 DO - 10.1038/nature08742 ID - Regier2010 ER - TY - JOUR AU - Edgecombe, G. D. AU - Giribet, G. PY - 2007 DA - 2007// TI - Evolutionary biology of centipedes (Myriapoda: Chilopoda) JO - Annual Rev Entomology VL - 52 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.ento.52.110405.091326 DO - 10.1146/annurev.ento.52.110405.091326 ID - Edgecombe2007 ER - TY - STD TI - Clouse RM, Sharma PP, Giribet G, Wheeler WC: Independent and isolated suites of paralogs in an arachnid elongation factor-1α, a putative single-copy nuclear gene. Mol Phylogenetics and Evol. In press ID - ref80 ER - TY - JOUR AU - Mamidala, P. AU - Wijeratne, A. J. AU - Wijeratne, S. AU - Kornacker, K. AU - Sudhamalla, B. AU - Rivera-Vega, L. J. AU - Hoelmer, A. AU - Meulia, T. AU - Jones, S. C. AU - Mittapalli, O. PY - 2012 DA - 2012// TI - RNA-Seq and molecular docking reveal multi-level pesticide resistance in the bed bug JO - BMC Genomics VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-13-6 DO - 10.1186/1471-2164-13-6 ID - Mamidala2012 ER - TY - JOUR AU - Edgecombe, G. D. AU - Giribet, G. AU - Dunn, C. W. AU - Hejnol, A. AU - Kristensen, R. M. AU - Neves, R. C. AU - Rouse, G. W. AU - Worsaae, K. AU - Sørensen, M. V. PY - 2011 DA - 2011// TI - Higher-level metazoan relationships: recent progress and remaining questions JO - Org Divers Evol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1007/s13127-011-0044-4 DO - 10.1007/s13127-011-0044-4 ID - Edgecombe2011 ER - TY - JOUR AU - Riesgo, A. AU - Pérez-Porro, A. R. AU - Carmona, S. AU - Leys, S. P. AU - Giribet, G. PY - 2012 DA - 2012// TI - Optimization of preservation and storage time of sponge tissues to obtain quality mRNA for next-generation sequencing JO - Mol Ecol Resour VL - 12 UR - https://doi.org/10.1111/j.1755-0998.2011.03097.x DO - 10.1111/j.1755-0998.2011.03097.x ID - Riesgo2012 ER - TY - JOUR AU - Ewing, B. AU - Hillier, L. AU - Wendl, M. C. AU - Green, P. PY - 1998 DA - 1998// TI - Base-calling of automated sequencer traces using Phred. I. Accuracy assessment JO - Genome Res VL - 8 UR - https://doi.org/10.1101/gr.8.3.175 DO - 10.1101/gr.8.3.175 ID - Ewing1998 ER - TY - JOUR AU - Camacho, C. AU - Coulouris, G. AU - Avagyan, V. AU - Ma, N. AU - Papadopoulos, J. AU - Bealer, K. AU - Madden, T. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - BLAST+: architecture and applications JO - BMC Bioinforma VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-10-421 DO - 10.1186/1471-2105-10-421 ID - Camacho2009 ER - TY - JOUR AU - Altschul, S. F. AU - Gish, W. AU - Miller, W. AU - Myers, E. W. AU - Lipman, D. J. PY - 1990 DA - 1990// TI - Basic local alignment search tool JO - J Mol Evol VL - 215 ID - Altschul1990 ER - TY - JOUR AU - Conesa, A. AU - Gotz, S. AU - Garcia-Gomez, J. M. AU - Terol, J. AU - Talon, M. AU - Robles, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Blast2GO: a universal tool for annotation, visualization and analysis in functional genomics research JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti610 DO - 10.1093/bioinformatics/bti610 ID - Conesa2005 ER - TY - JOUR AU - Gouy, M. AU - Guindon, S. AU - Gascuel, O. PY - 2010 DA - 2010// TI - SeaView version 4: a multiplatform graphical user interface for sequence alignment and phylogenetic tree building JO - Mol Biol Evol VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msp259 DO - 10.1093/molbev/msp259 ID - Gouy2010 ER - TY - JOUR AU - Stamatakis, A. PY - 2006 DA - 2006// TI - RAxML-VI-HPC: maximum likelihood-based phylogenetic analyses with thousands of taxa and mixed models JO - Bioinformatics VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl446 DO - 10.1093/bioinformatics/btl446 ID - Stamatakis2006 ER - TY - JOUR AU - Stamatakis, A. AU - Hoover, P. AU - Rougemont, J. PY - 2008 DA - 2008// TI - A rapid bootstrap algorithm for the RAxML Web servers JO - Syst Biol VL - 57 UR - https://doi.org/10.1080/10635150802429642 DO - 10.1080/10635150802429642 ID - Stamatakis2008 ER -